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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  44 lines
  1. ********************************************************
  2. * Antenna complexes alpha and beta subunits signatures *
  3. ********************************************************
  4.  
  5. In photosynthetic bacteria the antenna  complexes function as light-harvesting
  6. systems that absorb light radiation and transfer the  excitation energy to the
  7. reaction centers.    The  antenna    complexes  are  generally composed of two
  8. polypeptides (alpha and beta chains); two  or three bacteriochlorophyll (BChl)
  9. molecules and some carotenoids [1,2].
  10.  
  11. Both the  alpha and the beta chains of antenna complexes are small proteins of
  12. 42 to  68  residues which share a three-domain organization. They are composed
  13. of a  N-terminal  hydrophilic  cytoplasmic  domain followed by a transmembrane
  14. region and  a  C-terminal hydrophilic periplasmic domain. In the transmembrane
  15. region of  both  chains  there is a conserved histidine which is most probably
  16. involved in  the binding of the magnesium atom of a bacteriochlorophyll group.
  17. The beta  chains contain an additional conserved histidine which is located at
  18. the C-terminal extremity  of the  cytoplasmic domain and which is also thought
  19. to be involved in bacteriochlorophyll-binding.
  20.  
  21. We have developed  signature patterns for the alpha and for the beta subunits.
  22. These signature patterns include the conserved histidine residues.
  23.  
  24. -Consensus pattern: [LIVFA]-x-[GASV]-[LIVFA]-x-[IV]-H-x(3)-[LIVM]-[STE]-
  25.                     [STNH]-x(1,3)-[STN]-W-[LIVMFYW]
  26.                     [The H binds BChl]
  27. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL    alpha
  28.  chains.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Consensus pattern: [EQ]-x(4)-H-x(5)-[AGS]-x(3)-[FY]-x(3)-[AG]-x(2)-[AV]-H-
  32.                     x(7)-P     
  33.                     [The two H bind BChl]
  34. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL     beta
  35.  chains, except for Ectothiorhodospira halochloris B800/830/1020 beta-2.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37.  
  38. -Last update: June 1994 / First entry.
  39.  
  40. [ 1] Wagner-Huber R., Brunisholz R.A., Bissig I., Frank G., Suter F., Zuber H.
  41.      Eur. J. Biochem. 205:917-925(1992).
  42. [ 2] Brunisholz R.A., Zuber H.
  43.      J. Photochem. Photobiol. B 15:113-140(1992).
  44.